Masa pendaftaran gelombang pertama berlangsung antara 1 Januari hingga 5 Maret 2016. Dan test masuk gelombang pertama ini akan diadakan pada 6 Maret 2016. Sedangkan pendaftaran gelombang kedua akan berlangsung antara 6 Maret hingga 28 Mei 2016, dan tes masuk gelombang kedua akan diadakan pada 29 Maret 2016. Akan tetapi masa pendaftaran gelombang kedua akan ditutup jika pendaftaran gelombang kedua telah memenuhi kuota.
Meskipun pendaftaran dimulai pada tanggal 1 Januari 2016, namun saat ini, beberapa orang tua telah banyak berkunjung ke PTEI Multazam dalam rangka survey dan keinginan mendaftarkan putera-puterinya di pesantren ini.